Die spezifischen Forschungsansätze und -fragen in den digitalen Geisteswissenschaften benötigen eigene Methoden und Arbeitsstrategien. Wie in technischen Disziplinen schon länger üblich, etablieren sich mehr und mehr ein gemeinschaftliches Arbeiten und digitale Publikationsformen. Gemeinschaftliches Arbeiten, auch kollaborative Forschung genannt, kann durch virtuelle Forschungsumgebungen unterstützt und begleitet werden: Vom Sammeln der Daten bis zur digitalen Publikation.

Wie kollaboratives Arbeiten funktioniert, lässt sich vereinfacht anhand von digitalen Annotationen bzw. social bookmarking erläutern. Dabei können interessante Textstellen, aber auch Musik oder Filme auf Internetseiten individuell markiert, hervorgehoben und mit Kommentaren und Links versehen werden. Der kollaborative Aspekt tritt ein, wenn man die bearbeiteten Internetseiten bookmarkt, d. h. ein Lesezeichen setzt, und zwar so, dass sie mit anderen Leuten geteilt werden können. Diese können dann ihrerseits Kommentare und Markierungen setzen, um zu einem gemeinsam erarbeiteten Ergebnis zu kommen. Ein Beispiel für ein entsprechendes Tool ist etwa Diigo.

In den Digital Humanities geht kollaboratives oft mit interdisziplinärem Arbeiten Hand in Hand: »Inter- and multidisciplinary research has become a ›must‹ to solve certain emerging new issues, giving rise to virtual research collaboration as well« (Hunyadi 2012: 103). Um fächerübergreifenden Forschungsfragen nachgehen zu können, setzten sich Projektteams in den Digital Humanities aus Geisteswissenschaftlern und Informationswissenschaftlern zusammen, die gemeinsam ein Projektziel erarbeiten. Es werden im besten Fall jedoch nicht einzelne, modulare, unabhängig entwickelte Ergebnisteile aus den verschiedenen Disziplinen zusammengeführt, sondern kollaborativ entwickelt. »Importantly, interdisciplinarity as a scientific approach to the study of complex issues has gained more and more importance, and technological advances, together with the need for interdisciplinary studies, have made it increasingly essential to do research in collaboration.« (Hunyadi 2012: 93). Die Zusammenarbeit von Forschern aus verschiedenen Disziplinen kann allerdings auch zu Spannungen und Missverständnissen führen, vor allem da sich Geisteswissenschaften und Informatik teilweise gravierend unterscheiden; Melissa Terras bezeichnet sie als »very different beasts« (Terras 2012: 224). Kommunikation ist daher weiterhin essentiell, damit alle Projektmitarbeiter die Projektentwicklungen nachvollziehen können und auch sich selbst verstanden fühlen (vgl. Terras 2012: 224).